Cet article reprend les éléments que j’ai présentés lors d’une formation Zotero sur le Discord PhD Students. Une première version de cette présentation avait eu lieu en octobre 2020, puis une seconde, plus aboutie, en juillet 2021. Ces présentations donneront bientôt lieu à une formation auprès d’étudiants de master. 

Ayez bon jour, vous qui lisez ces lignes ! Ou, pour être dans le thème aujourd’hui : Ahoy ! Je reviens par ici avec des considérations bien modernes, car je vais vous parler de Zotero, un logiciel de gestion de références bibliographiques.

Lorsque je suis entrée en thèse, j’ai beaucoup entendu parler de ce logiciel. Pourtant, malgré l’enthousiasme de doctorant.e.s plus avancé.e.s que moi, et malgré une formation sur le sujet suivie dans mon université, je n’avais pas été convaincue. J’ai donc continué, pendant plus de deux ans, à composer ma bibliographie dans un document Word, notant moi-même à la main référence après référence lors de mes lectures. Ledit document a fini par atteindre une trentaine de pages : cela devenait complexe de naviguer dans cette mer de références. Armée de courage, et peut-être aussi d’un peu de procrastination, je me suis plongée dans la lecture d’articles, de tutoriels, dans le visionnage de vidéos sur l’utilisation de Zotero, pour voir si, finalement, ce n’était pas une si mauvaise idée de s’en servir.
Outre les trente pages de références de ma bibliographie sous Word, moi qui suis une fervente adoratrice de papeterie et qui avais pris jusqu’alors mes notes de lecture à la main, j’ai ensuite passé plusieurs mois à aussi transférer toutes mes notes dans le logiciel – ce qui représente quelques centaines de pages de notes manuscrites. Cela m’a pris un temps fou, un temps que j’avais l’impression de perdre. Mais à ce jour, après plusieurs mois d’utilisation poussée et une rédaction d’article, je peux l’affirmer : je n’ai pas perdu de temps, j’en ai gagné. Et utiliser Zotero, c’est une excellente idée, peu importe le moment où l’on décide de commencer à s’en servir.
Les présentations que j’ai pu proposer sur le sujet, ainsi que cet article, ont donc plusieurs objectifs : vous convaincre, si vous faites de la recherche, qu’il n’est jamais trop tard pour commencer à utiliser Zotero ; vous montrer les astuces et conseils que j’aurais aimé que l’on me donne au début de ma thèse sur ce logiciel et son utilisation ; vous présenter, enfin, ma manière à moi de l’utiliser, une méthode toute personnelle née de mes nombreuses lectures, de quelques mois d’expérience, et infusée d’accents de piraterie.

Qu’est-ce que Zotero ? Les trois éléments de base à télécharger

Pour pouvoir faire une utilisation complète et efficace de Zotero, je vous invite à télécharger les trois éléments suivants, tous disponibles ici.

Si vous avez besoin d’aide lors de l’installation, vous trouverez tout ce dont vous aurez besoin dans la documentation générale Zotero.

Le logiciel

Le premier élément à installer est le logiciel lui-même, dont l’interface se présente comme suit :

1. Votre bibliothèque et vos collections. Cet espace permet de hiérarchiser des collections et sous-collections, comme des dossiers sur n’importe quel ordinateur. Voyez cela comme des étagères virtuelles dans votre bibliothèque, mais avec la possibilité de ranger le même livre dans plusieurs étagères différentes à la fois. C’est aussi dans cet espace qu’apparaissent vos flux RSS si vous décidez d’utiliser Zotero pour les centraliser. N’oubliez pas de cocher l’option « afficher les documents des sous-collections » si vous voulez voir, depuis le premier niveau de collections, les documents compris dans les sous-collections.
2. Les marqueurs. Ils fonctionnent comme des post-its ou des étiquettes que vous allez pouvoir apposer aux livres de votre bibliothèque virtuelle. Vous pouvez en créer le nombre que vous souhaitez, et avez la possibilité d’attribuer une couleur à neuf d’entre eux – cela les fera apparaître en haut de la liste, et ajoutera une pastille de couleur à la référence concernée par le marqueur dans l’espace central du logiciel. Ils sont classés par ordre alphabétique, donc n’hésitez pas à ajouter un tiret avant votre marqueur si vous voulez le voir apparaître en haut de la liste. Je vous conseille, dans les paramètres, de décocher l’option d’ajout automatique de marqueurs, sans quoi Zotero récupérera les marqueurs des sites d’où vous intégrez les références bibliographiques, et cela entraîne vite une marée de marqueurs dans laquelle on ne s’y retrouve plus.
3. Vos références bibliographiques. Zotero vous affiche ici toutes les références contenues dans le dossier sélectionné, ou, pour filer la métaphore, tous les livres rangés sur l’étagère que vous observez à un instant donné.
4. Détails de la référence sélectionnée. Vous y trouverez quatre onglets différents :

• « Info » contient toutes les métadonnées de la référence : titre, auteur, date, etc.
• « Notes » liste les notes que vous avez associées à la référence (elles apparaissent aussi sous forme de menu déroulant dans l’espace central)
• « Marqueurs », où vous pouvez ajouter ou retirer des marqueurs à la référence choisie (vous pouvez aussi faire un glisser-déposer de la référence sur le marqueur que vous souhaitez dans l’espace à gauche, cela lui ajoutera automatiquement)
• « Connexe », où vous pouvez lier la référence avec d’autres références de votre bibliothèque. C’est utile pour lier un livre et ses chapitres, ou pour réunir des références qui traitent de sujets similaires.

Le plug-in Chrome/Firefox

Ce plug-in permet à Zotero de détecter des références, depuis les catalogues de bibliothèques en ligne par exemple, et de les ajouter en un clic dans votre bibliothèque. Attention : par défaut, la référence sera ajoutée dans le dernier dossier que vous avez sélectionné dans votre bibliothèque. Pensez, systématiquement, à vérifier les métadonnées de la référence. En effet, vérifier les métadonnées au fur et à mesure des ajouts vous permet de vous assurer qu’il n’y a pas d’erreur dans le titre, la maison d’édition ou tout autre élément. C’est un gain de temps de le faire progressivement, car lors de la rédaction vous n’aurez plus à vous en soucier.

Le plug-in Word

Ce plug-in vous permet d’insérer des citations directement depuis votre logiciel de traitement de texte, ainsi que de générer une bibliographie automatique à partir des références citées. Ici encore, c’est un véritable gain de temps, car c’est Zotero qui gère toute la mise en page des notes de bas de page ou de la bibliographie : il vous suffit de sélectionner la norme bibliographique que vous souhaitez utiliser lorsque vous insérez votre première citation. Encore une fois, prenez garde à avoir bien vérifié les métadonnées de vos références : Zotero ne travaille qu’avec ce que vous lui donnez. Si les métadonnées sont fautives, votre citation le sera aussi.

En ce qui concerne les différentes normes et les styles, vous pouvez en ajouter directement depuis l’interface du logiciel. Vous avez aussi la possibilité de modifier les styles depuis l’éditeur de style du logiciel, mais cela nécessite d’être à l’aise à l’idée de manier quelques lignes de code. Pour plus d’informations sur les styles, voir ici ; et là pour un petit guide sur la modification de feuille de style.

Utiliser les extensions pour gagner du temps

De nombreuses extensions et plug-ins sont disponibles, vous en trouverez une liste ici. Celles que j’utilise le plus souvent sont Zotfile et Zutilo. Les extensions se téléchargent sous la forme de fichiers en .xpi et s’installent directement depuis Zotero.

Gestion de PDFs et annotations : Zotfile

Vous pouvez ajouter aisément des PDFs à votre bibliothèque Zotero. Soit en glissant-déposant le PDF directement dans Zotero, qui pourra alors extraire les métadonnées et créer une référence parente, soit en ajoutant un PDF à une référence existante en cliquant sur le petit trombone dans la barre d’outils :

Si vous sélectionnez « joindre une copie enregistrée d’un fichier », Zotero copiera le PDF dans un dossier dédié sur votre ordinateur. Cela sera indiqué d’un cercle plein dans la colonne « pièce jointe » de votre référence. Si vous sélectionnez « joindre un lien vers un fichier », Zotero créera juste un lien vers l’emplacement du fichier, et l’indiquera d’un cercle vide dans la colonne « pièce jointe » de la référence.

Zotfile est une extension qui vous permet d’aller plus loin dans la gestion de vos PDFs, car elle vous permet de renommer les PDFs depuis les métadonnées de la référence associée. Mais elle est surtout cruciale si vous souhaitez annoter directement vos PDFs lors de la lecture : passages surlignés, commentaires, tout ceci peut être extrait en un clic avec Zotfile qui crée alors une note liée à la référence, dans laquelle se trouvent toutes vos annotations et des liens de renvoi à l’endroit précis du PDF. Attention toutefois, la magie opère seulement sur les PDFs dont le texte est indexé : sans cela, vous risquez de vous retrouver avec un charabia incompréhensible, et il vous faudra reprendre vos annotations à la main.

Liens entre les documents : Zutilo

Zutilo offre de nombreuses fonctionnalités, comme la copie des marqueurs associés à une référence pour les ajouter en un clic à une autre référence de votre bibliothèque. Je m’en sers surtout pour créer rapidement une référence « chapitre de livre » associée au livre concerné, quand lors de mes lectures je réalise que je vais avoir à citer un chapitre en particulier. C’est utile aussi pour distinguer les participations dans les actes de colloque, que je place dans ma bibliothèque comme des chapitres et des livres – je garde l’appellation « article de colloque » pour les éléments en attente de publication.

Mon utilisation de Zotero : bibliographie et piraterie

Le Journal de bord de la capitaine

Celles et ceux qui font de la recherche savent que, si les lectures en elles-mêmes sont passionnantes, la gestion de la bibliographie n’est quant à elle pas l’aspect le plus fascinant du travail de chercheur. Et celles et ceux qui me connaissent savent que j’aime l’univers de la piraterie. Pour rendre la bibliographie plus attrayante, j’ai donc décidé d’insuffler un peu de piraterie dans ma bibliothèque Zotero. Cela me permet notamment, à chaque fois que j’ouvre mon logiciel, de me rappeler que je suis la capitaine du navire qu’est ma thèse. Voici comment se présentent mes collections et sous-collections :

La première collection, mon journal de bord, est méthodologique et me permet d’avancer progressivement dans mon travail. La seconde est thématique et regroupe les références que j’ai lues ou que je veux lire pour ma thèse, en de grandes catégories que je précise ensuite en des sous-collections.

Mon journal de bord sert à faire un tri dans mes références. Le ponton, c’est le passage obligé pour toutes, avant que je ne les laisse monter à bord. C’est ici que je place toutes les références que je ne suis pas encore certaine d’avoir à lire pour la thèse, ou bien dont je dois vérifier les métadonnées.

Les disparus en mer, ce sont les références que j’ai pu repérer dans des bibliographies lors de mes lectures, mais que j’ai été incapable de retrouver dans les catalogues de bibliothèques modernes – c’est rare, mais cela arrive.

Si vous avez vu quelques films de pirate, vous savez que la planche n’est pas bon signe pour ceux qui s’y trouvent, et qu’ils risquent fort de terminer dans l’estomac des requins. C’est là que je place toutes les références que j’ai lues mais dont je sais qu’elles ne me serviront pas dans ma thèse : soit qu’elles sont trop datées, soit qu’elles ne concernent finalement pas mon sujet, ou pour tout autre raison. Je prends bien soin d’indiquer dans une note pourquoi la référence ne m’intéresse finalement pas, pourquoi elle n’apparaîtra pas dans mon travail final. Et je garde ainsi la trace de les avoir parcourues.

Enfin, « Souquez les artibuses ! » est une déformation d’une expression qui en elle-même n’a aucun sens, mais qui me motive à redoubler d’efforts pour lire de toute urgence les références qui s’y trouvent.

Vous noterez aussi « Vogue moussaillon », une sous-collection dans laquelle je place toutes les notes indépendantes où j’inscris des idées, des réflexions, des notes diverses sur mon travail.

Si vous souhaitez utiliser une telle organisation, je vous encourage chaleureusement à l’adapter à ce qui vous plaît, en puisant dans n’importe quel domaine qui vous intéresse : ça n’a pas à être en lien avec le travail que l’on fait, ou avec notre sujet. Au contraire, cela peut permettre des clins d’œil à quelque chose qui nous fait plaisir, qui n’aurait en temps normal aucune place dans la thèse, mais qui suffit à donner le sourire lorsque l’on s’attelle au travail de bibliographie. Pour moi c’est tout simple, quelques références à la piraterie, un chant de pirates dans les oreilles, et me voilà motivée à travailler. Quel que soit ce qui peut vous aider vous, n’hésitez pas à vous en servir : c’est en ajoutant un peu de nous à notre organisation que même les tâches les plus ingrates peuvent devenir intéressantes.

Ma méthode de travail

Sans piraterie cette fois, voici quelques éléments supplémentaires de ma méthode, qui m’ont permis de faire de Zotero un véritable outil de travail pour toutes les étapes de ma thèse : de la recherche bibliographique à la rédaction, en passant par la réflexion et la prise de notes.

Tout d’abord, j’utilise les marqueurs. Je vous en parlais plus haut. Je les réunis tous dans un tableau sur un document à part (intitulé « mon thesaurus documentaire »), dans lequel je définis ce que chaque marqueur désigne, quels sont les synonymes liés au marqueur en question, ou les notions associées. Je distingue trois types de marqueurs :

• Les marqueurs méthodologiques : le marqueur « lu », que j’ai coloré en vert, me permet de visualiser l’avancée dans mes lectures lorsque ma bibliothèque se remplit peu à peu de petites pastilles vertes. Un marqueur rouge « à lire » me permet d’accentuer les références que l’on m’a fortement conseillées (il se recoupe souvent avec la collection « Souquez les artibuses », mais pas toujours, car parfois je dois lire en urgence des choses sur un sujet spécifique, qui ne sont pas nécessairement des références obligatoires pour mon travail). Enfin, des marqueurs du nom des bibliothèques dans lesquelles je me rends le plus souvent me permettent de signaler la présence du livre dans telle ou telle bibliothèque.
• Les marqueurs descriptifs : le marqueur « important » me permet de mettre en avant les références dont je sais que je vais devoir les citer amplement dans mon travail. Je l’attribue avec parcimonie. Le marqueur « pas intéressant », lui, concerne les références qui à l’inverse ne me semblent pas très utiles, mais que je n’écarte pas totalement – je les garde donc sous la main malgré tout, sans quoi elles étaient bonnes pour la planche.
• Les marqueurs de contenus : attribués après lecture de la référence, ils permettent de spécifier les aspects de mon travail ou les thèmes qui y sont traités. Si parfois ils créent des doublons avec les collections et sous-collections thématiques, ils sont aussi une bouée de sauvetage dans le cas où je supprimerais par mégarde un des dossiers, afin d’éviter de me perdre dans l’océan de mes quelques 700 références bibliographiques. Les collections me servent à classer avant lecture, les marqueurs à spécifier après.

Comme je le disais plus haut, j’ai transféré il y a quelques mois toutes mes notes de lecture dans ma bibliothèque Zotero, et ai pendant un temps pris mes notes directement dans le logiciel. Je reviens depuis peu à un système mixte, avec un système de notes en deux temps : je prends des notes à la main au fil de la lecture dans un carnet, puis dans une note Zotero je résume la lecture, explique ce en quoi elle peut me servir, reporte les citations les plus intéressantes et l’analyse que j’en fais. Cela demande plus de temps mais me permet de prendre d’avantage de recul sur mes lectures, m’oblige à reformuler ce que je compte en faire. Je précise que toutes mes notes manuscrites sont soigneusement référencées avec une numérotation des pages de mes différents carnets de notes : j’indique toujours, dans les notes numériques, où se trouvent les notes manuscrites correspondantes, ce qui permet un passage aisé d’un support à l’autre.

Dans les deux cas, en numérique comme à la main, j’utilise un système de prise de notes avec deux éléments clés :

• Des couleurs : en noir, toutes les notes de contenu (des éléments de contexte sur un auteur, des dates, des éléments historiques descriptifs…) ; en vert, toutes les citations ; en bleu, mes propres idées, mes réflexions, mes développements et hypothèses.
• Des symboles : ## pour les citations, ££ pour les idées qui me viennent, $$ pour les choses à creuser avec d’autres lectures. Ces symboles sont surtout utiles dans les notes numériques, car Zotero permet de faire une recherche avancée en cherchant dans le texte de toutes les notes jointes aux références de votre bibliothèque. Une astuce à ce propos : vous pouvez enregistrer des recherches avancées Zotero, il vous en fera alors un dossier dans votre bibliothèque qui contiendra toutes les références concernées. C’est ce que j’ai fait avec le symbole $$, dans une collection intitulée « Longue-vue », pour tout ce qui appellera à naviguer plus avant dans ma recherche.

Conseils pour loups de mer

Pour finir, voici quelques conseils divers et variés pour vous aider à naviguer plus facilement :

• Synchronisation et sauvegarde de votre bibliothèque
  • Zotero vous offre un espace de stockage gratuit mais limité : il est amplement suffisant pour vos références et vos notes, mais si vous souhaitez synchroniser vos PDFs joints aussi, vous risquez de le dépasser. Pensez alors à décocher l’option « synchroniser les fichiers joints de ma bibliothèque ». Dans ce cas, vos PDFs joints ne seront pas synchronisés, mais vos notes et vos références le seront. J’ai pour ma part opté pour la version payante qui me permet de retélécharger mes PDFs depuis le cloud Zotero si je suis amenée à travailler sur un autre ordinateur, en passant par mon compte Zotero.
  • Pour faire une sauvegarde physique de votre bibliothèque, sur clé USB ou disque dur externe, il vous suffit de trouver le dossier local Zotero sur votre ordinateur. Copiez le fichier zotero.sqlite ainsi que le dossier storage, et vous aurez toute votre bibliothèque avec vous (collections, marqueurs, références, notes, PDFs joints).
  • Pour transférer votre bibliothèque d’un ordinateur à un autre, si vous changez d’ordinateur par exemple, il existe plusieurs méthodes. La méthode la plus efficace et complète selon moi est la copie physique en procédant comme je vous l’ai expliqué à l’instant. J’en ai testé plusieurs, et ai pour chacune fait un petit compte-rendu, si cela vous intéresse : Transférer sa bibliothèque Zotero – méthode 1, Transférer sa bibliothèque Zotero – méthode 1.2, Transférer sa bibliothèque méthode 2.
• Imprimer ses notes : en faisant un clic-droit sur une ou plusieurs références, Zotero peut « établir un rapport sur le document ». Cela vous permet d’imprimer les métadonnées de la référence ainsi que les notes qui y sont liées, ou bien de les enregistrer en format PDF.
• Quelques raccourcis utiles :
  • +/- sur votre clavier déploie ou réduit toutes les références et leurs pièces jointes
  • Un clic sur une référence en appuyant sur la touche alt mettra en surbrillance toutes les collections dans lesquelles elle se trouve. Pratique pour voir dans quelle étagère vous avez rangé vos livres.
  • Un clic droit sur le titre de la référence dans les métadonnées vous permet de choisir aisément la casse du titre, avec soit une majuscule initiale (souvent le cas pour les titres français), soit une majuscule à chaque mot (pour les titres anglais).
  • Un clic sur URL lorsque vous associez une URL à une référence ouvrira directement l’adresse jointe.
• Des balises dans les métadonnées : vous pouvez indiquer au sein des métadonnées une mise en forme spécifique en utilisant des balises. De <i>l’italique</i>, du <b>gras</b>, des ^{^exposants}, des <sc>petites majuscules</sc>.

Sources

La méthodologie, à mon sens, n’échappe pas à la nécessité de citer ses sources, bien connue des chercheurs. Comme je le disais au début de cet article, ce que je présente ici est le résultat de lectures et d’errances sur internet, qui m’ont permis ensuite de développer ma propre utilisation de Zotero. Voici donc celles qui ont alimenté ma réflexion et m’ont aidé à en être où j’en suis aujourd’hui sur cet aspect de ma méthode :

• La documentation du site officiel Zotero, qui est une mine d’informations pour débuter mais aussi pour aller plus loin sur certains points comme la gestion de feuilles de style.
• Les forums du site, qui sont très utiles pour toutes les questions plus pointues.
• Le blog Zotero francophone
• La série de tutoriels proposés par la bibliothèque de l’Université de Montréal disponible sur Youtube. J’y ai entre autres découvert les plug-ins Zotfile et Zotero, et les conseils sur la création d’un thesaurus documentaire et les marqueurs. C’est de cette vidéo, dans laquelle Pascal Martinolli présente « Zotlog », un système d’organisation de bibliothèque Zotero, que j’ai tiré et développé ma propre organisation de mon journal de bord.

Si vous avez des questions, n’hésitez pas à me les poser, en commentaire, en m’envoyant un mail, ou en message sur le compte instagram du blog ! Je me ferai un plaisir de discuter méthode avec vous. De même, si vous souhaitez diffuser ce que j’ai présenté ici, je vous remercierai de citer cet article. Partagez-le sans retenue.

Bon vent !

Si vous avez tenu jusqu’ici, moussaillons, moussaillonnes, il me reste donc à vous souhaiter un bon voyage sur les mers bibliographiques. Du vent dans vos voiles pour votre recherche, quelles que soient les eaux sur lesquelles vous naviguez aujourd’hui – master, thèse, ou que sais-je encore !

Et n’oubliez pas : vous êtes les capitaines de vos propres navires.